Shadows of the Ten Ninja’da Japonya’nın en ünlü kahramanlarından biri, son bir büyük mücadele için kılıcını yeniden kuşanıyor. Sekigahara’dan on dört yıl sonra tutsak olan Sanada Yukimura, gölgelerin ustası Sasuke Sarutobi ve kendisine katılan dokuz savaşçıyla kaçış planı yapar. Amaçları, Toyotomi hanedanını iktidarı ele geçirmeye kararlı Tokugawa Ieyasu’ya karşı korumaktır. Ancak aralarındaki ihanetler ve gizli planlar her adımı tehlikeli kılar.